# Thermocycleur

Paramétrages et utilisation d'un appareil à PCR

# Guide d'utilisation du thermocycleur

# <span style="font-size: 22.0pt; font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-themecolor: text1;">Fiche technique du thermocycleur </span><span style="font-size: 22.0pt; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; font-weight: normal;">XT</span><span style="font-size: 22.0pt; font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-themecolor: text1; font-weight: normal;">⁹⁶</span>

<span style="font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-themecolor: text1;"> </span>

<span style="font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-themecolor: text1;">Le thermocycleur XT<sup>96 </sup>est </span><span style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">un appareil qui permet d’effectuer de manière automatisée et séquentielle les cycles de température nécessaires pour effectuer la réaction en chaîne par polymérase (PCR) de l’amplification de l’ADN. Le thermocycleur fournit un environnement thermiquement contrôlé pour les échantillons PCR. </span>

**<span style="font-size: 14.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Connectiques de l’appareil : </span>**

[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/S1nimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/S1nimage.png)

[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/lo1image.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/lo1image.png)

**<span style="font-size: 14.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Menu Principal : </span>**

<span style="font-size: 11.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-fareast-font-family: Calibri; mso-fareast-theme-font: minor-latin; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white; mso-ansi-language: FR; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA;">Le menu principal se compose de sept onglets. Chaque onglets contient un bouton d'aide pour une fonction d'aide directe.</span>

[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/i57image.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/i57image.png)

<table border="1" cellpadding="0" cellspacing="0" class="MsoTableGrid" id="bkmrk-%C2%A0-commentaire-cet-on" style="border-collapse: collapse; border: none; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; mso-yfti-tbllook: 1184; mso-padding-alt: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;"><tbody><tr style="mso-yfti-irow: 0; mso-yfti-firstrow: yes;"><td style="width: 230.3pt; border: solid windowtext 1.0pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461"><span lang="fr" style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-ansi-language: #000C;"> </span>

</td><td style="width: 230.3pt; border: solid windowtext 1.0pt; border-left: none; mso-border-left-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461"><span lang="fr" style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-ansi-language: #000C;">Commentaire</span>

</td></tr><tr style="mso-yfti-irow: 1;"><td style="width: 230.3pt; border: solid windowtext 1.0pt; border-top: none; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461">[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/rG2image.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/rG2image.png)

<span style="mso-fareast-language: FR; mso-no-proof: yes;">  
</span>

</td><td style="width: 230.3pt; border-top: none; border-left: none; border-bottom: solid windowtext 1.0pt; border-right: solid windowtext 1.0pt; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-left-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461"><span lang="fr" style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-ansi-language: #000C;">Cet onglet est utilisé pour naviguer entre différent utilisateurs</span>

</td></tr><tr style="mso-yfti-irow: 2;"><td style="width: 230.3pt; border: solid windowtext 1.0pt; border-top: none; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461">[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/h5yimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/h5yimage.png)

<span style="mso-fareast-language: FR; mso-no-proof: yes;">  
</span>

</td><td style="width: 230.3pt; border-top: none; border-left: none; border-bottom: solid windowtext 1.0pt; border-right: solid windowtext 1.0pt; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-left-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461"><span lang="fr" style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-ansi-language: #000C;">Cet onglet permet de sélectionner et d'exécuter le mode d'incubation. Il peut être activé pour programmer manuellement les températures de la plaque thermique et du couvercle chauffant. Ceci est utile pour des incubations rapides et faciles similaires à un bain sec numérique.</span>

</td></tr><tr style="mso-yfti-irow: 3;"><td style="width: 230.3pt; border: solid windowtext 1.0pt; border-top: none; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461">[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/MAuimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/MAuimage.png)

<span style="mso-fareast-language: FR; mso-no-proof: yes;">  
</span>

</td><td style="width: 230.3pt; border-top: none; border-left: none; border-bottom: solid windowtext 1.0pt; border-right: solid windowtext 1.0pt; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-left-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461"><span lang="fr" style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-ansi-language: #000C;">Cet onglet est utilisé pour sélectionner, exécuter et surveiller les protocoles PCR existants</span>

</td></tr><tr style="mso-yfti-irow: 4;"><td style="width: 230.3pt; border: solid windowtext 1.0pt; border-top: none; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461">[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/BNjimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/BNjimage.png)

<span style="mso-fareast-language: FR; mso-no-proof: yes;">  
</span>

</td><td style="width: 230.3pt; border-top: none; border-left: none; border-bottom: solid windowtext 1.0pt; border-right: solid windowtext 1.0pt; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-left-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461"><span lang="fr" style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-ansi-language: #000C;">Cet onglet est utilisé pour créer, éditer et organiser les protocoles PCR</span>

</td></tr><tr style="mso-yfti-irow: 5;"><td style="width: 230.3pt; border: solid windowtext 1.0pt; border-top: none; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461">[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/z0cimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/z0cimage.png)

<span style="mso-fareast-language: FR; mso-no-proof: yes;">  
</span>

</td><td style="width: 230.3pt; border-top: none; border-left: none; border-bottom: solid windowtext 1.0pt; border-right: solid windowtext 1.0pt; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-left-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461"><span lang="fr" style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-ansi-language: #000C;">Cet onglet permet d'afficher et d'organiser les rapports BPL créés par le thermocycleur.</span>

</td></tr><tr style="mso-yfti-irow: 6;"><td style="width: 230.3pt; border: solid windowtext 1.0pt; border-top: none; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461">[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/RiGimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/RiGimage.png)

<span style="mso-fareast-language: FR; mso-no-proof: yes;">  
</span>

</td><td style="width: 230.3pt; border-top: none; border-left: none; border-bottom: solid windowtext 1.0pt; border-right: solid windowtext 1.0pt; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-left-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461"><span lang="fr" style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-ansi-language: #000C;">Cet onglet est utilisé pour créer, éditer et organiser les fichiers et dossiers créés par le thermocycleur</span>

</td></tr><tr style="mso-yfti-irow: 7;"><td style="width: 230.3pt; border: solid windowtext 1.0pt; border-top: none; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461">[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/kGOimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/kGOimage.png)

<span style="mso-fareast-language: FR; mso-no-proof: yes;">  
</span>

</td><td style="width: 230.3pt; border-top: none; border-left: none; border-bottom: solid windowtext 1.0pt; border-right: solid windowtext 1.0pt; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-left-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461"><span lang="fr" style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-ansi-language: #000C;">Cet onglet est utilisé pour surveiller le profil de température réel de la thermoplaque. De plus, la température du couvercle chauffant et la température de l'intérieur du thermocycleur sont affichées.</span>

</td></tr><tr style="mso-yfti-irow: 8;"><td style="width: 230.3pt; border: solid windowtext 1.0pt; border-top: none; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461">[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/lnFimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/lnFimage.png)

<span style="mso-fareast-language: FR; mso-no-proof: yes;">  
</span>

</td><td style="width: 230.3pt; border-top: none; border-left: none; border-bottom: solid windowtext 1.0pt; border-right: solid windowtext 1.0pt; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-left-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461"><span lang="fr" style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-ansi-language: #000C;">Cet onglet est utilisé pour modifier les paramètres généraux de l'appareil et pour les fonctions de gestion des utilisateurs.</span>

</td></tr><tr style="mso-yfti-irow: 9; mso-yfti-lastrow: yes;"><td style="width: 230.3pt; border: solid windowtext 1.0pt; border-top: none; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461">[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/T9himage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/T9himage.png)

<span style="mso-fareast-language: FR; mso-no-proof: yes;">  
</span>

</td><td style="width: 230.3pt; border-top: none; border-left: none; border-bottom: solid windowtext 1.0pt; border-right: solid windowtext 1.0pt; mso-border-top-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-left-alt: solid windowtext .5pt; mso-border-alt: solid windowtext .5pt; padding: 0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;" valign="top" width="461"><span lang="fr" style="font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: 'Comic Sans MS'; color: black; mso-ansi-language: #000C;">Utilisez ce bouton pour activer (désactiver) le mode d'aide directe.</span>

</td></tr></tbody></table>

**<span style="font-size: 14.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Comment utiliser le thermocycleur ? </span>**

- **<span style="font-size: 14.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Le mode incubateur </span>**

1. <span style="font-size: 12.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;"> Appuyez sur 'incubate' dans le menu principal [![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/RX2image.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/RX2image.png)</span>
2. <span style="font-size: 12.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Entrez la valeur de température du bol/couvercle et de temps souhaité[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/tnpimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/tnpimage.png)</span>
3. <span style="font-size: 12.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Lancez l'incubation grâce à "run and stop" </span>[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/iBzimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/iBzimage.png)[ ](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/iBzimage.png)

- **<span style="font-size: 14.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Lancement du mode simple dans l'onglet "Run"</span>**

[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/OCpimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/OCpimage.png)

1. Sélectionner un programme utilisé récemment ou créer votre propre programme avec le protocole Wizard (voir après)
2. vérifier les informations du programmes
3. Lancer avec le bouton start ( ou utiliser pour mettre sur pause)
4. Stopper avec le bouton stop

- **<span style="font-size: 14.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Modifier un programme</span>**

[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/rEaimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/rEaimage.png)

1. [![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/SLEimage.png) ](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/SLEimage.png)Entrer une nouvelle commande dans le programme existant
2. [![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/R5Wimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/R5Wimage.png)Éditer une commande
3. [![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/V95image.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/V95image.png)Supprimer une commande
4. [![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/bWuimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/bWuimage.png)Sauver les modifications
5. [![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/rpximage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/rpximage.png)Sauver et lancer le programme

- **<span style="font-size: 14.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Protocole Wizard pour créer de nouveaux programmes[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/5uOimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/5uOimage.png)</span>**

<span style="font-size: 12.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Ce protocole est un outil utile pour la création rapide et automatique de protocoles de PCR comme les programmes en 3 étapes, 2 étapes et le programme de gradient.  
Un programme en trois étapes consiste en une étape séparée pour la dénaturation, l'amorçage et l'élongation.  
Dans un programme en deux étapes, les étapes d'amorçage et d'élongation sont sont combinées en une seule étape.</span>

  
<span style="text-decoration: underline; font-size: 12.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Comment utiliser l'assistant en 3 étapes :[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/KWnimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/KWnimage.png)</span>

1. <span style="font-size: 12.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">1. Saisir le nombre de cycles  
    2. Entrer la température de dénaturation (recommandation 95°C) et la durée (s)  
    3. Entrer la température de recuit de l'amorce de l'amorce.  
    Note : En général, la température de d'amorçage est d'environ 5°C en dessous de la moyenne calculée des paires d'amorces.  
    moyenne calculée de la température de fusion (Tm) de la paire d'amorces  
    4. Entrer la température d'élongation (72°C recommandée) et la durée.  
    Remarque : temps d'élongation (s) = longueur du produit \[bases\] / 1000 \[bases\] \* 60 s</span>

  
<span style="font-size: 12.0pt; line-height: 115%; font-family: 'Comic Sans MS'; mso-bidi-font-family: Arial; color: black; mso-themecolor: text1; background: white;">Sauvegarder ou enregistrer et démarrer le nouveau protocole</span>

[![image.png](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/scaled-1680-/ybMimage.png)](https://wiki.fablab.sorbonne-universite.fr/BookStack/uploads/images/gallery/2023-11/ybMimage.png)