FablabSU

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Robin Piguet-Ruinet : robin.piguet-ruinet.1@etu.sorbonne-universite.fr
Antoine Rei : antoine.rei@etu.sorbonne-universite.fr

<fs large>**__Introduction__**</fs>

Le Fablab de Sorbonne-Université possède de nombreux outils pour scanner des objets et les imprimer en 3D. L’idée de ce projet a donc été, en lien avec notre orientation vers la paléontologie, de se procurer des fossiles aux collections du Muséum National d’Histoire Naturelle et d’en faire des modèles et des impressions 3D. Ces modèles pourraient en effet être utilisés par des chercheurs désireux d’étudier des spécimens de collection sans avoir à faire de longs trajets et les impressions pourraient, en nombre suffisant, servir à des TP d’observation de paléontologie. Pour en juger, une recherche bibliographique sur la phylogénie des oursins sera entreprise.

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__Photos des oursins qui seront traités__

<fs large>**__Acquisition 3D (2 mois)__**</fs>

L’acquisition 3D des fossiles s’est faite grâce au matériel et au logiciel DavidScan3. Il s’agit d’une caméra doublée d’un projecteur montés sur une règle elle-même fixée sur un trépied. Ce montage est placé en face d’un plateau tournant pouvant être réglé sur le logiciel (nombre de photos par tour). Sur le plateau tournant est placé l’objet à scanner.

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__Photo de l'installation utilisée__

Pour scanner un objet avec DavidScan3, il faut : 
    -Avoir une bonne carte graphique et un bon processeur
    -Calibrer la caméra
    -Éliminer le fond après avoir scanné à vide
    -Placer le spécimen au centre de la plaque tournante de façon à avoir un maximum de surface de recoupement entre les scans
    -Choisir la fréquence de scan (nombre de scans par 360°)
    -Enclencher la prise de vue (sélectionner alignement automatique des scans et bien penser à combiner les scans après chaque séquence de prise de vue)
    -Reproduire le protocole avec les faces encore non scannées
    -Aligner les combinaisons de scans et vérifier que la maille obtenue correspond bien à l’objet réel, le cas échéant combiner toutes les combinaisons entre elles
    -Fusionner la maille obtenue avec la qualité souhaitée, vous venez de finir le scan de votre objet, pensez à le sauvegarder au format .stl.
    -Pratiquer régulièrement, essayer plusieurs angles de vue, ce matériel nécessite de la pratique pour être à peu près maîtrisé.

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__Exemple de 2 séries de scans combinées correspondant à 2 faces d'un même objet prêtes à être alignées__

  
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__Quelques modèles produits__

Un premier problème concerne les objets trop plats dont le côté n’est pas suffisamment visible par la caméra pour aligner les deux faces de l’objet. Il s’agit là d’une limite physique de la méthode qui n’a pas pu être résolu et a nécessité de renoncer à scanner 2 spécimens, //Amphiope ovalifora// et //Plesiocidaris durandi//. Au total donc 10 fossiles furent modélisés.

{{:wiki:projet:image_2022-04-08_173656406.png?400|}}

__Exemple de spécimen dont l'alignement et l'apposition d'une texture acceptable est difficile__

L’obtention de modèles aussi précis que possible notamment pour les détails fins infra-millimétriques a nécessité un important rapprochement du montage vers la plaque tournante. Un effet inattendu de ce rapprochement a été un défaut d’alignement des scans, problème résolu avec un rigoureux centrage de l’objet sur la plaque tournante et par un léger éloignement lorsque l’on ne pouvait pas faire autrement. 

{{:wiki:projet:oursins_img_20220218_174314.jpg?400|}}

__Nouvelle installation du scanner__

Enfin dernier problème, l’inévitable perte de précision lors de l’acquisition. Les détails infra-millimétriques se perdent du fossile au modèle. Si l’utilisation du modèle nécessite absolument la présence de ceux-ci, un autre matériel encore plus précis devra être utilisé. On préférera donc des objets relativement gros (>10 cm) sans cavités mal exposées et sans détails <1mm.

{{:wiki:projet:conulus.png?400|}}{{:wiki:projet:conulus_2.jpg?400|}}

__//Conulus albogalerus// en modèle 3D (gauche) et en vrai (droite)__

{{:wiki:projet:micraster.png?400|}}{{:wiki:projet:micraster_2.jpg?400|}}

__Système apical de //Micraster decipiens// en modèle 3D (gauche) et en vrai (droite)__

<fs large>**__Impression 3D (1 mois)__**</fs>

Une fois les .stl obtenu, il s’agit maintenant de les imprimer en 3D. La première imprimante utilisée fut la Raise Pro2 3D, qui superpose des couches de PLA (fil de matière plastique chauffé à fusion qui une fois apposé par la buse le long des positions définies par le fichier slicé .gcode, refroidit et se solidifie) qui de bas en haut construit le(s) spécimen(s). La complétion d’un modèle prend en moyenne entre 3 et 18 heures pour les plus gros. Ce temps augmente avec le nombre de spécimens par fichier .gcode.
Pour transformer le modèle 3D .stl en fichier lisible par l’imprimante .gcode, il faut utiliser le logiciel Ideamaker sur lequel le(s) modèle(s) après importation peut-être positionné sur la plaque d’impression et des paramètres peuvent être réglés comme l’apposition de supports (garder les paramètres automatiques dans la plupart des cas), la hauteur de couche (0,1 mm) et la densité du remplissage (15 %). 

{{:wiki:projet:ideamakerconulus.png?400|}}{{:wiki:projet:ideamakerechinolampas.png?400|}}{{:wiki:projet:ideamakerplesiocidaris.png?400|}}{{:wiki:projet:img_20220414_153856.jpg?400|}}

__Modèles 3D formatés pour impression 3D et imprimante__ (plusieurs spécimens peuvent être imprimés en même temps)

{{:wiki:projet:img_20220408_180625.jpg?400|}}{{:wiki:projet:img_20220408_180719.jpg?400|}}{{:wiki:projet:img_20220408_180816.jpg?400|}}{{:wiki:projet:img_20220408_180900.jpg?400|}}

__Exemples d'impressions réussies et d'une ratée__

Quelques problèmes dans les impressions sont survenus, un modèle sur deux en moyenne ne parvenant pas à complétion. Cela peut-être la conséquence d’une réserve de PLA trop faible sur la machine ou de dysfonctionnements inconnus impliquant le fonctionnement à vide de la buse, le décollement du spécimens, etc. Ces anomalies très fréquentes ont entraîné ultimement l’arrêt des impressions, d’autant plus que les résultats n’étaient pas convainquant, beaucoup de détails par rapport aux modèles étant perdus. Nous soupçonnons que l’orientation souvent verticale des modèles est en partie responsable des défectuosités d’impression, cette orientation ayant été choisie afin d’obtenir une aussi bonne qualité que possible dans les zones d’intérêt phylogénétique (la base et le sommet de l’impression étant en forme d’escalier). Enfin, un problème relativisant l’idée de perte d’information lors de l’acquisition : les fichiers .stl produits sont extrêmement lourds (300000 ko à 1400000 ko…), si lourds que les ordinateurs de l’espace prototypage (32-33 1er) ne sont pas assez puissants pour les manipuler. Les réglages, si de tels modèles venaient à devoir être imprimés via Ideamaker et Raise Pro 3D, seraient plus rapidement faits depuis l’ordinateur de l’espace imagerie (56-66 3ème).

Un autre type d'impression 3D a été expérimenté : l'impression avec résine Esun white et anycubic black sur Elegoo saturn. Le principe est qu'un rayonnement ultraviolet (~450 nm) va venir de sous le bac d'impression pour durcir une zone précise de la fine couche de résine sous le support qui va monter petit à petit, faisant émerger le modèle à l'envers en quelques heures.

{{:wiki:projet:elegoosaturn1.jpg?400|}}

__Imprimante 3D Elegoo saturn à résine__

Après plusieurs essais le protocole optimal s'est avéré être le suivant :
-Disposer les fichiers .stl sur le logiciel Chitubox V1.8.1 puis y mettre des supports et enfin "slicer" le modèle. Bien sauvegarder le fichier .ctb obtenu et écrire le volume prédit pour l'impression. **Y AJOUTER 50 % DE SURPLUS**. L’impression devrait durer entre 5 et 9 heures indépendamment du nombre de spécimens par plaque, le seul paramètre influençant le temps d’impression étant la hauteur maximale du plus haut spécimen (les mettre à plat pour minimiser).

{{:wiki:projet:chitubox5.png?400|CAPTURES D'ÉCRAN}}{{:wiki:projet:chitubox4.png?400|}}
{{:wiki:projet:chitubox2.png?400|}}{{:wiki:projet:chitubox3.png?400|}}

__Exemple de préparation de .stl sur Chitubox avec supports et paramètres__

-Verser la résine dans le bac prévu à cet effet posé préalablement sur du papier absorbant en prenant garde à verser **au moins 50 % de résine en plus de ce qui est indiqué sur le fichier .ctb**.
-Monter le bac sur l'imprimante et lancer l'impression avec la clé USB sur laquelle on aura au préalable sauvegardé les .ctb.
-Une fois l'impression finie la retirer délicatement du support avec une spatule et la mettre dans un bain d'isopropanol pendant 10 minutes en activant l'hélice et en retournant l'impression au bout de 5. Le but de ce bain est de solubiliser la résine non solide qui serait encore sur la résine dure. Cette partie devra impérativement être faite sous une sorbonne pour ne pas s'intoxiquer.

{{:wiki:projet:elegoosaturn2.jpg?400|}}{{:wiki:projet:fini.jpg?400|}}

__Exemple d'impression terminée avec support en position et détaché__

-Laisser l'impression quelques heures dans une chambre à UV pour achever le durcissement de la résine. 

{{:wiki:projet:chambreuv.jpg?400|}}

__Chambre à UV__

-Bien nettoyer le matériel à l'eau chaude et au savon sauf le bac de l'imprimante dont la résine restante devra être retirée au papier absorbant imbibé d'isopropanol.

Notons enfin que les problèmes de taille de fichier .stl ne se sont pas posés sur Chitubox à l’ordinateur de l’espace chimie (54-55 317).

{{:wiki:projet:resine1.png?400|}}{{:wiki:projet:resine2.png?400|}}{{:wiki:projet:resine3.png?400|}}

__Exemple de résultats d'impressions 3D à la résine__

La comparaison des deux modes d’impression entre eux et avec les fossiles nous a amené à la conclusion suivante : aux vues de la qualité finale des modèles, de la fiabilité de la machine et de la durée d’impression, l’Elegoo saturn s’est avéré être de qualité supérieure. Cette imprimante est en effet conçue pour fournir des surfaces d’impressions aussi précises que possibles (notamment pour des figurines de jeu de rôle) tandis que la Raise Pro 3D est plus adaptée pour imprimer des pièces pour des maquettes ou divers types de montages expérimentaux ne nécessitant pas d’esthétique particulière. On notera cependant que les reflets de la résine rendent la distinction des détails anatomiques des petits spécimens malaisée.

<fs large>**__Mesure sur spécimens__**</fs>

Une autre démarche, statistique celle-ci, a été tentée sur des paramètres morphométriques des fossiles. Il s’agissait initialement de prendre des mesures sur les fossiles et les impressions 3D à l’aide de pieds à coulisse et sur les modèles 3D à l’aide de logiciels tel Paraview ou Meshmixer afin de déterminer si les mesures prises sur tous ces éléments étaient statistiquement les mêmes.

{{:wiki:projet:meshmixer_psammechinus.png?400|}}{{:wiki:projet:meshmixermicraster.png?400|}}

__Exemple de prise de mesures sur des modèles 3D via le logiciel Meshmixer__

{{:wiki:projet:pied_1.jpg?400|}}{{:wiki:projet:pied.jpg?400|}}{{:wiki:projet:pied_2.jpg?400|}}

__Exemple de prise de mesures sur des fossiles via un pied à coulisse électronique__

{{:wiki:projet:excel_capture.png?400|}}

__Résumé des valeurs de moyennes, d'écarts-types et de pourcentages d'erreur obtenus sur nos spécimens__

Ces mesures, faites au pied à coulisse électronique sur 9 paramètres (lorsqu'ils étaient accessibles) des 12 oursins par 6 personnes différentes, avaient pour but initial d'être confrontées à un jeu de données similaire obtenu sur les modèles 3D (Paraview, Meshmixer) et les impressions 3D au PLA et à la résine mais le temps ne nous a pas permis de les obtenir. En effet il faudrait être plus de 2 avec une équipe travaillant en même temps sur les différentes productions (fossiles, modèles 3D et impressions PLA/résine) pour obtenir au moins plus de 30 mesures par paramètres prises par au moins 10 personnes pour évaluer les biais éventuellement induits par la méthode. Il serait ensuite comme dit précédemment intéressant de comparer les jeux de données obtenus afin d'évaluer s'il y a plus d'écart entre les mesures avec pied à coulisse et celles avec un logiciel. Cela éclaircirait un potentiel avantage des modèles sur les fossiles qui ne souffriraient pas de biais liés à la lecture du pied à coulisse ni de son positionnement. 
À la place de ces tests statistiques très lourds à mettre en place (plusieurs personnes, répétitions...) nous avons pris notre jeu de données et avons pour chaque paramètre calculé une moyenne et un écart-type en millimètre ainsi qu'un pourcentage d'erreur (écart-type/moyenne) donnant un indice sur la reproductibilité des mesures choisies. Il s'agit en fait de savoir si en ne donnant que des indications sommaires à nos professeurs et camarades sur la mesure en question ils sont capables de reproduire à peu près nos résultats. Un pourcentage supérieur à 10 % indique que la mesure n'est pas reproductible et inversement.
En observant le tableau ci-dessus on constate que la moyenne globale des pourcentages d'erreur (%E) est inférieure à 10, ce qui témoigne d'une certaine reproductibilité de nos choix de paramètres. En allant dans le détail on constate que nos collègues n'ont pas eu des résultats systématiquement similaires aux nôtres sur certains spécimens, comme Clypeus (9.25%), Echinolampas (13%) ou encore Conulus (7.7%). En plongeant dans les mesures elles-mêmes, on observe que certains paramètres ont posé plus de problèmes comme ceux sur la longueur des pétales (7.9, 6.6, 7.9 %), et les distances bouche-anus, bouche centre et anus-centre (8.5, 12.2, 14.1 %). Une stratégie pour prévenir ces écarts de mesures consisterait à mieux expliquer avec des mots plus explicites ce que l'on demande de mesurer avec éventuellement des schémas.

<fs large>__**Conclusion**__</fs>

Les parties modélisations et impressions se sont avérées très longues à maîtriser (2 mois de modélisation et 1 mois d'impression). Une série finale de mailles a été obtenue grâce à un rapprochement du scanner et les impressions les plus fines ont été permises par l'imprimante résine, même si des pertes d'informations ont été observées à chaque étape.
Malheureusement ces pertes d'informations préviennent toute utilisation scientifique comme pédagogique des productions mais elles restent intéressantes à bien des égards notamment pour servir de vitrine à la collection d'origine des spécimens comme du Fablab.
Ce projet appelle bien sûr une suite et de nombreux approfondissements hors de notre portée pour cette UE :
-Essayer d'autres outils comme ceux de la photogrammétrie et des logiciels nécessitant plus de formation mais permettant d'aller plus loin dans les mesures
-Tester d'autres paramètres d'impression comme différentes résines et éventuellement n'imprimer que certaines parties d'intérêt en gros plan
-Planifier un protocole de mesure plus ambitieux pour avoir des échantillons vraiment significatifs (30 mesures par paramètres prises par au moins 10 personnes)
-et surtout tester d'autres objets plus volumineux et avec moins de détails microscopiques d'importance comme de gros os de mammifères.

Remerciements spéciaux à Sylvain Charbonnier et Denis Audo sans qui rien de tous cela n'aurait été possible et à Loïc Villier pour ses précieux conseils. Un grand merci également va aux vacataires de l'espace prototypage du Fablab ainsi qu'à Simon Lanis pour l'imprimante à résine.

Robin Piguet-Ruinet et Antoine Rei pour l'UE "Fablab" LU3ST062 avec Pierre Théry et loïc Labrousse

<fs x-large>**CARNET DE BORD HEBDOMADAIRE**</fs>

Robin Piguet-Ruinet : robin.piguet-ruinet.1@etu.sorbonne-universite.fr
Antoine Rei : antoine.rei@etu.sorbonne-universite.fr

Ce projet consiste, dans un premier temps, en la modélisation et l'impression 3D de fossiles d'oursins prêtés par le Muséum National d'Histoire Naturel (MNHN) pour voir s'il est possible d'illustrer la diversité de ce groupe sur un poster en anglais. Il consiste donc en une partie modélisation/impression 3D et une recherche bibliographique sur la phylogénie et les caractères des membres du groupe des Echinoidea. Nous mettrons à jour chaque semaine cette page pour faire état de notre avancement. Le lecteur pourra être amener à cliquer sur certaines images pour une meilleure lisibilité.

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__Photos des oursins qui seront traités__


Semaine 24/01/2022 :

Nous avons récupéré le 22/01 à la collection des invertébrés fossiles du MNHN (gérée par Sylvain Charbonnier) 12 spécimens d'oursins de diverses familles, origines géographiques et temporelles. Un premier essai de modélisation a été effectué sur //Amphiope ovalifora// à l'aide du logiciel de capture 3D DavidScan3.

-Méthode :
    -Calibrage de la caméra
    -Élimination du fond après avoir scanné à vide
    -Placement du spécimen au centre de la plaque tournante de façon à avoir un maximum de surface de recoupement
    -Choix de la fréquence de scan (nombre de scans sur un tour soit 360°)
    -Prises de vue
    -Obtention d'une maille (sélectionner alignement automatique des scans et bien penser à combiner les scans après chaque série)
    -Retournement du spécimen afin d'exposer ses faces non scannées
    -Deuxième série de prises de vue
    -Alignement des faces
    -Fusion des mailles alignées

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__Photo de l'installation utilisée__

-Problèmes :
    -Texture mal restituée sans fusionner les scans
    -Compréhension du logiciel en cours
    -Les trous dans les spécimens peuvent fausser les scans

Après de nombreux essais nous avons conclu qu'il fallait combiner les prises de vue d'une même série après chaque tour, pour éviter que les différentes parties d'une même prise de vue ne se séparent irréversiblement en sélectionnant l’option d’alignement en 1 ou 2 D.
Chaque combinaison ainsi créée (2 minimum pour les deux faces des fossiles avec des zones de recoupement) peut être alignée avec les autres.
Une fois les combinaisons bien alignées et elles même combinées la fusion avec texture peut être faite. La qualité de fusion peut faire cracher systématiquement l'ordinateur si trop haute (>2000 résolution et >3 finesse).

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__Exemple de 2 séries de scans combinées correspondant à 2 faces d'un même objet prêtes à être alignées__

Semaine 31/01/2022

Partage des tâches entre poursuite des modélisations 3D et bibliographie.
La recherche bibliographique consistera en un premier temps en une prospection de sources nous permettant de retracer l’histoire évolutive du clade des Echinoidea, d’appréhender leur diversité taxinomique et d’obtenir des clés d’identification anatomique pour celle-ci.
La poursuite des modélisations a été un succès avec la production de 8 mailles bien alignées dont certaines avec une bonne texture. Deux séries de scans sur deux faces suffisent généralement grâce aux fonctions d’alignement du logiciel DavidScan3. Cependant la texture ainsi que la fusion des scans restent un problème autant pour la capacité de traitement de l’ordinateur que pour le fonctionnement du logiciel. Le fonctionnement optimal de la texture reste à élucider. Il reste encore 4 spécimens à scanner, et à supposer que les problèmes de texture/fusion soient rapidement résolus, l’impression pourra commencer sous peu.
{{:wiki:projet:oursins:clypeaster_pentadactylus.png?400|}}{{:wiki:projet:oursins:conolus_albogalerus.png?400|}}{{:wiki:projet:oursins:micraster_decipiens.png?400|}}{{:wiki:projet:oursins:echinolampas_blaviensis.png?400|}}

__Quelques modèles produits__

Semaine 07/02/2022

Poursuite de la recherche bibliographique et modélisation des spécimens récalcitrants avec un succès relatif. Un des spécimens, //Amphiope ovalifora//, qui est très plat d’un côté et concave de l’autre ne peut pas être scanné de façon satisfaisante car le scan ne parvient pas à restituer sa très petite volumétrie. De façon plus générale les spécimens plats et présentant de fortes aspérités et fluctuations de leur surface sont très difficiles à scanner car pour les premiers il est très difficile d’aligner les faces par manque de surface de recoupement et pour les deuxièmes car les aspérités de surface jettent ombres et lumières sur la surface du spécimen ce qui fausse la texture et l’apparence des spécimens. L’ordinateur mis à notre disposition montre aussi ses limites, l’impossibilité de fusionner à un haut niveau de précision les modèles et les multiples crash et pertes de travail dues à des corruptions de fichier commencent à sérieusement ralentir ce projet. La question de la restitution de la texture reste ouverte à ce stade. Néanmoins tous les spécimens (12) sont maintenant modélisés et la bibliographie progresse convenablement.
{{:wiki:projet:image_2022-04-08_173656406.png?400|}}

__Exemple de spécimen dont l'alignement et l'apposition d'une texture acceptable est difficile__


Semaine 14/02/2022

Poursuite de la recherche bibliographique et changement de méthode de scan. Après discussion avec L. Labrousse il a été convenu que la résolution des modèles 3D devait avoir au moins la même qualité que les vrais spécimens, ce qui n’était pas le cas jusqu’à présent (la perte de qualité se faisant essentiellement dans la construction et la fusion de la maille). La plaque tournante et la caméra ont donc été sensiblement rapprochées à cet effet. Cela semble effectivement augmenter le détail des mailles obtenues mais apporte son lot de problème, notamment un chevauchement des différents scans entre le début et la fin d'un tour de prises. Ni un changement de vue ni une réduction du nombre de prises par tour n’y ont changé quoique ce soit. Il a enfin été convenu que la faible carte graphique de l’ordinateur handicapait trop le projet et un ordinateur beaucoup plus puissant devrait être sous peu mis à notre disposition pour de meilleures fusions et une utilisation optimale des capacités du scanner.

{{:wiki:projet:oursins_img_20220218_174314.jpg?400|}}

__Nouvelle installation du scanner__

Semaine 21/02/2022

(mercredi 23) Un nouvel ordinateur plus puissant a été mit à notre disposition et il n'y a plus de problèmes de fusion quelque soit la qualité. Les problèmes d'alignement de maille semblent avoir été résolu grâce à un meilleur alignement du projecteur et des fossiles sur la plaque tournante. Les résultats obtenus grâce à notre nouvelle installation sont bien meilleurs qu'auparavant en modèle fusionné. Celle-ci reste moins précise que le spécimen réel notamment au niveau des contours de plaques et en finesse plus généralement. Il s'avère possible qu'un rendu équivalent entre le spécimen réel et le modèle 3D ne soit pas atteignable avec nos moyens et qu'il ne soit donc pas possible de rendre compte à très haute résolution des caractères permettant d'illustrer la diversité des oursins au travers de modèles 3D.
{{:wiki:projet:conulus.png?400|}}{{:wiki:projet:conulus_2.jpg?400|}}

__//Conulus albogalerus// en modèle 3D (gauche) et en vrai (droite)__

{{:wiki:projet:micraster.png?400|}}{{:wiki:projet:micraster_2.jpg?400|}}

__Système apical de //Micraster decipiens// en modèle 3D (gauche) et en vrai (droite)__

(vendredi 25) Poursuite des modélisations selon la nouvelle méthode exposée ci-dessus. Quatre spécimens ont été reconstitués avec une meilleure précision qu'auparavant. Pour les gros spécimens, comme //Clypeaster pentadactylus//, il s'agit de scanner par exemple 5 faces du fossile avec texture et des aligner avec 10 à 16 faces du même côté sans texture afin d'obtenir une texture finale après fusion de la maille non floutée. La constitution de la bibliographie est terminée, à présent nous sélectionnerons des caractères d'intérêt taxonomiques.

Semaine du 28/02/2022

Poursuite de la modélisation des spécimens selon la nouvelle méthode. Tous les spécimens sauf 2 ont été informatisés. Tentative d'application aux spécimens des caractères sélectionnés. Préparation d'un spécimen, //Echinolampas//, pour un essai d'impression 3D. Il a été remarqué que malgré la qualité moindre des modèles par rapport aux spécimens réels, ceux-ci étaient tout de même extrêmement lourds à gérer pour les logiciels d'impression 3D ce qui est peut-être un signe que nous ne pouvons pas réalistiquement aller plus loin avec David Scan 3.

Semaine du 07/03/2022

Acception du fait que le matériel à disposition a été poussé à ses limites de résolution, il ne sera plus tenté d'en améliorer encore plus la qualité déjà très bonne. L'aspect technique de ce projet sera désormais tourné vers l'impression 3D débutée avec un essai de 2 spécimens et vers l'exploitation d'outils informatiques permettant de faire de la morphométrie sur nos modèles (pour le moment mesure de distance et de surface). Pour ce faire le logiciel libre Paraview a été téléchargé. Poursuite de la mise au point de clés discriminant les spécimens d'oursins en groupes rendant compte de leur phylogénie.

Semaine du 14/03/2022

Création des fichiers .gcode des modèles à l'aide de l'ordinateur désormais performant de la salle imagerie pour impressions en chaîne de tous les spécimens au moins une fois en taille réelle. Deux modèles avaient été modélisées précédemment avec des résultats que l'on a pu comparer avec les réels. Identification des caractères de tous les spécimens et préparation de la discussion avec L. Villier.

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__Modèles 3D formatés pour impression 3D et imprimante__ (plusieurs spécimens peuvent être imprimés en même temps)

{{:wiki:projet:img_20220408_180625.jpg?400|}}{{:wiki:projet:img_20220408_180719.jpg?400|}}{{:wiki:projet:img_20220408_180816.jpg?400|}}{{:wiki:projet:img_20220408_180900.jpg?400|}}

__Exemples d'impressions réussies et d'une ratée__

Semaine du 21/03/2022

Poursuite des impressions 3D, installation et utilisation de Meshmixer pour mesurer la surface, le volume et des distances d'intérêt sur les modèles. Plesiocidaris 1 est trop lourd pour le logiciel, seules distances seront donc pour ce modèle mesurées sur Paraview. Identification des caractères de tous les oursins terminée, vérification à venir avec Loïc Vilier. Début des mesures sur les spécimens avec pied à coulisse pour comparaison avec les mesures sur modèle.

{{:wiki:projet:meshmixer_psammechinus.png?400|}}{{:wiki:projet:meshmixermicraster.png?400|}}

__Exemple de prise de mesures sur des modèles 3D via le logiciel Meshmixer__

{{:wiki:projet:pied_1.jpg?400|}}{{:wiki:projet:pied.jpg?400|}}{{:wiki:projet:pied_2.jpg?400|}}

__Exemple de prise de mesures sur des fossiles via un pied à coulisse électronique__


Semaine du 28/03/2022

Poursuite et fin des impressions 3D par PLA (Raise Pro2 3D, superposition de couches d'une matière chauffée puis refroidie) avec des résultats mitigés de par les grandes pertes d'information par rapport aux modèles 3D. Après consultation avec L. Villier ont été définies des mesures à effectuer sur les modèles et les fossiles pour savoir s'ils sont équivalents. Idéalement elles devraient être reproductibles, elles seront reproduites plusieurs fois par différentes personnes pour s'en assurer. L'imprimante à résine sera utilisée les 12 et 13 avril pour peut-être obtenir une meilleure finition des impressions par rapport au PLA.

{{:wiki:projet:excel.png?400|}}

__Tableau des mesures prisent sur les modèles (cases blanches) et les fossiles (cases jaunes) (obsolète, voir ci-après)__

Semaine du 04/04/2022

Poursuite des prises de mesure sur les fossiles par nous-mêmes et les camarades du groupe qui en ont eu le temps et conception d'un croquis de poster pour le rendu final du 23/05/2022. Relecture, enrichissement et correction du wiki.

Semaine du 11/04/2022

Poursuite et fin des prises de mesures sur les spécimens réels par nous-mêmes et nos camarades. L'idéal aurait été d'avoir au moins 10 mesures par spécimens par au moins 5 personnes différentes et pour toutes les productions (réels, modèles 3D, et les deux types d'impressions) mais l'échéance touche à sa fin. Prise de photos des productions obtenues jusque là pour illustrer le poster dont les différentes parties ont été rédigées en anglais et organisées. Il sera utile pour montrer les machines et les modèles 3D mais rien ne dépassera une exposition sur table des impressions 3D qui pourront être lors de la séance de restitution appréhendées par le public.
Enfin un nouveau type d'impression 3D a été expérimenté : l'impression avec résine Esun white et anycubic black sur Elegoo saturn. Le principe est qu'un rayonnement ultraviolet (~450nm) va venir de sous le bac d'impression pour durcir une zone précise de la fine couche de résine sous le support qui va monter petit à petit, faisant émerger le modèle à l'envers en quelques heures.

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__Imprimante 3D Elegoo saturn à résine__

Après plusieurs essais le protocole optimal s'est avéré être le suivant :
-Disposer les fichiers .stl sur le logiciel Chitubox V1.8.1 puis y mettre des supports et enfin "slicer" le modèle. Bien sauvegarder le fichier .ctb obtenu et écrire le volume prédit pour l'impression. **Y AJOUTER 50 % DE SURPLUS**.

{{:wiki:projet:chitubox5.png?400|CAPTURES D'ÉCRAN}}{{:wiki:projet:chitubox4.png?400|}}
{{:wiki:projet:chitubox2.png?400|}}{{:wiki:projet:chitubox3.png?400|}}

__Exemple de préparation de .stl sur Chitubox avec supports et paramètres__

-Verser la résine dans le bac prévu à cet effet posé préalablement sur du papier absorbant en prenant garde à verser **au moins 50 % de résine en plus que ce qui est indiqué sur le fichier .ctb**.
-Monter le bac sur l'imprimante et lancer l'impression avec la clé USB sur laquelle on aura au préalable sauvegardé les .ctb.
-Une fois l'impression finie la retirer délicatement du support avec une spatule et la mettre dans un bain d'isopropanol pendant 10 minutes en activant l'hélice et en retournant l'impression au bout de 5. Le but de ce bain est de solubiliser la résine non solide qui serait encore sur la résine dure. Cette partie devra impérativement être faite sous une sorbonne pour ne pas s'intoxiquer.

{{:wiki:projet:elegoosaturn2.jpg?400|}}{{:wiki:projet:fini.jpg?400|}}

__Exemple d'impression terminée avec support en position et détaché__

-Laisser l'impression quelques heures dans une chambre à UV pour achever le durcissement de la résine.

{{:wiki:projet:chambreuv.jpg?400|}}

__Chambre à UV__

-Bien nettoyer le matériel à l'eau chaude et au savon sauf le bac de l'imprimante dont la résine restante devra être retirée au papier absorbant imbibé d'isopropanol.

Semaine du 18/04/2022

Dernières prises de photos pour compléter le prototype de poster et analyse des prémices de résultats statistiques ayant pu être obtenus jusqu'ici.

{{:wiki:projet:excel_capture.png?400|}}

__Résumé des valeurs de moyennes, d'écarts-types et de pourcentages d'erreur obtenus sur nos spécimens__

Ces mesures, faites au pied à coulisse électronique sur 9 paramètres (lorsqu'ils étaient accessibles) des 12 oursins par 6 personnes différentes, avaient pour but initial d'être confrontées à un jeu de données similaire obtenu sur les modèles 3D (Paraview, Meshmixer) et les impressions 3D au PLA et à la résine mais le temps ne nous a pas permis de les obtenir. En effet il faudrait être plus de 2 avec une équipe travaillant en même temps sur les différentes productions (fossiles, modèles 3D et impressions PLA/résine) pour obtenir au moins plus de 30 mesures par paramètres prises par au moins 10 personnes pour évaluer les biais éventuellement induits par la méthode. Il serait ensuite comme dit précédemment intéressant de comparer les jeux de données obtenus afin d'évaluer s'il y a plus d'écart entre les mesures avec pied à coulisse et celles avec un logiciel. Cela éclaircirait un potentiel avantage des modèles sur les fossiles qui ne souffriraient pas de biais liés à la lecture du pied à coulisse ni de son positionnement. 
À la place de ces tests statistiques très lourds à mettre en place (plusieurs personnes, répétitions...) nous avons pris notre jeu de données et avons pour chaque paramètre calculé une moyenne et un écart-type en millimètre ainsi qu'un pourcentage d'erreur (écart-type/moyenne) donnant un indice sur la reproductibilité des mesures choisies. Il s'agit en fait de savoir si en ne donnant que des indications sommaires à nos professeurs et camarades sur la mesure en question ils sont capables de reproduire à peu près nos résultats. Un pourcentage supérieur à 10 % indique que la mesure n'est pas reproductible et inversement.
En observant le tableau ci-dessus on constate que la moyenne globale des pourcentages d'erreur (%E) est inférieure à 10, ce qui témoigne d'une certaine reproductibilité de nos choix de paramètres. En allant dans le détail on constate que nos collègues n'ont pas eu des résultats systématiquement similaires aux nôtres sur certains spécimens, comme Clypeus (9.25%), Echinolampas (13%) ou encore Conulus (7.7%). En plongeant dans les mesures elles-mêmes, on observe que certains paramètres ont posé plus de problèmes comme ceux sur la longueur des pétales (7.9, 6.6, 7.9 %), et les distances bouche-anus, bouche centre et anus-centre (8.5, 12.2, 14.1 %). Une stratégie pour prévenir ces écarts de mesures consisterait en expliquant mieux avec des mots plus explicites ce que l'on demande de mesurer avec éventuellement des schémas.

Conclusion générale

Les parties modélisations et impressions se sont avérées très longues à maîtriser (2 mois de modélisation et 1 mois d'impression). Une série finale de mailles a été obtenue grâce à un rapprochement du scanner et les impressions les plus fines ont été permises par l'imprimante résine, même si des pertes d'informations ont été observées à chaque étape.
Malheureusement ces pertes d'informations préviennent toute utilisation scientifique comme pédagogique des productions mais elles restent intéressantes à bien des égards notamment pour servir de vitrine à la collection d'origine des spécimens comme du Fablab.  
Ce projet appelle bien sûr une suite et de nombreux approfondissements hors de notre portée pour cette UE :
-Essayer d'autres outils comme ceux de la photogrammétrie et des logiciels nécessitant plus de formation mais permettant d'aller plus loin dans les mesures
-Tester d'autres paramètres d'impression comme différentes résines et éventuellement n'imprimer que certaines parties d'intérêt en gros plan
-Planifier un protocole de mesure plus ambitieux pour avoir des échantillons vraiment significatifs
-et surtout tester d'autres objets plus volumineux et avec moins de détails microscopiques d'importance comme de gros os de mammifères.

Remerciements spéciaux à Sylvain Charbonnier et Denis Audo sans qui rien de tous cela n'aurait été possible et à Loïc Villier pour ses précieux conseils. Un grand merci également va aux vacataires de l'espace prototypage du Fablab ainsi qu'à Simon Lanis pour l'imprimante à résine.

Robin Piguet-Ruinet et Antoine Rei pour l'UE "Fablab" LU3ST062 avec Pierre Théry et loïc Labrousse
FablabSU

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