D'un point de vue scientifique, la programmation et la conception électronique représente le plus gros de notre projet. L'électronique du cytomètre se décompose en deux parties : programmation et conception matérielle. Le système électronique est au cytomètre ce que la carte mère est à l'ordinateur : essentielle. Ce dit système permet de recevoir et d'interpréter les informations liés à l'échantillon de cellules, molécules ou particules étudié.
Pour généraliser, le système électronique d'un cytomètre suit le schéma suivant :