contact: Mathieu Moog

ImageJ est un logiciel de traitement d'images utilisé dans de multiples domaines de recherche, du fait de sa facilité d'utilisation et surtout de son coté open qui a permis de créer une certaine communauté d'utilisateur du logiciels. En effet, le logiciel est disponible avec une version intégré du JRE (Java Runtime Environment) qui permet non seulement d'utiliser des plugins faits par d'autres utilisateurs, mais de programmer et tester ses propres plugins et macros de façon très faciles.

Le logiciel a ainsi bénéficié d'un grand nombre de plugins qui lui ont permis d'être utilisés non plus uniquement par des biologistes (ImageJ est developpé par la NIH) mais aussi pour de la cristallographie.

Le site de developpement du logiciel, bien que sobre, propose d'ailleurs tout ce qu'il faut pour apprendre à utiliser et modeler ses propres fonctions d'utilisations du logiciels ainsi que le code source du logiciel.

Ce projet va tourner autour de l'utilisation du logiciel pour de la cristallographie. Ce projet est en effet la continuité d'un stage avec N. Menguy de l'IMPMC dont le but était de réaliser des scripts permettant l'amélioration du logiciel pour des études de cristaux observés par un Microscope Electronique par Transmission (MET). Les scripts déjà réalisés permettent l'automatisation de routines de Transformées de Fourier Rapides et la mise à l'echelle d'images de Diffraction de cristaux par le MET.

• En attente de précision

• Accepter de programmer en Java
• Savoir lire des documentations longues
• Avoir une compréhension globale de l'anglais écrit

• Plusieurs étudiants sont intéréssés
• Formation en cours

• Comment récuperer ImageJ et y installer des plugins
• Les bases du Java pour ImageJ
• Comment ImageJ gère les images