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Il existe plusieurs manière de modéliser des molécules, de logiciels basiques comme OpenScad en utilisant des spheres et cylindres à des logiciels fait pour comme Avogadro. C'est sur ce dernier que nous allons nous concentrer ici.

Avogadro est un logiciel libre multiplateforme (Windows, Linux, Mac), disponible gratuitement sur internet ici.

Son utilisation est relativement simple, il suffit de choisir les atomes de la molécule, le logiciel les affiche sur le pointeur sur l'écran de modélisation (l'écran noir sur la droite) quand on clic dessus. Pour forcer des liens, il suffit de relier deux atomes en maintenant le clic enfoncé.

Une fois qu'on est satisfait de la molécule, on peut faire une minimisation d’énergie de façon à avoir une forme réaliste pour la molécule (icône avec la flèche verticale verte et la lettre E).