Il existe plusieurs manières de modéliser des molécules, de logiciels basiques comme OpenScad en utilisant des sphères et cylindres à des logiciels fait pour comme Avogadro. C'est sur ce dernier que nous allons nous concentrer ici.

Avogadro est un logiciel libre multiplateforme (Windows, Linux, Mac), disponible gratuitement sur internet ici.

Son utilisation est relativement simple, on peut choisir les atomes à positionner les atomes sur la gauche et un clic sur l'écran de modélisation permet de les faire apparaitre, par défaut, des atomes d'hydrogène sont automatiquement ajoutés en fonction de la valence de l'atome. Pour faire des liens entre deux atomes déjà existant, il suffit de relier deux atomes en maintenant le clic enfoncé.

Une fois qu'on est satisfait de la molécule, on peut faire une minimisation d’énergie de façon à avoir une forme réaliste pour la molécule (icône avec la flèche verticale verte et la lettre E).

Il faut enfin enregistrer (“save as…”) le fichier sous extension .pdb (regarder dans la liste des extensions possibles).

Avogadro est en fait un logiciel très complet, il est possible de faire des mailles cristallines et d'appliquer des opérations de symétries sur les systèmes pour les générer.

Il faut ensuite récupérer le fichier sous VMD qui va se charger de transformer le fichier en format SDL qui est compréhensible par les logiciels des imprimantes 3D.

VMD est un logiciel libre disponible gratuitement sur internet, mais il requiert de s'inscrire et de remplir un formulaire internet avant de pouvoir l'utiliser. Une fois cette formalité faite, il est possible de le télécharger. VMD est disponible ici (choisir la version sans CUDA de préférence).

Attention, le logiciel s'installe dans un dossier appelé “University of Illinois” et ne crée pas de raccourci sur le bureau, il peut être de ce fait un peu difficile à trouver pour la première utilisation.

VMD

Une fois ceci fait, on peut ouvrir le fichier (open molecule), si tout va bien, le type pdb est detecté automatiquement, et on peut cliquer sur “load”. La molécule s'affiche alors sur l'écran sous forme de ligne.

Étant donné que cette représentation n'est pas la meilleure pour une impression 3D, il faut la changer. Pour cela, il faut aller dans Graphics puis Representation et changer “Drawing Method” de Lines à CPK (on peut aussi choisir VdW, ou cartoon pour les protéines). De plus, pour garantir la faisabilité de l'impression, il est souvent nécessaire de faire varier le rayon des atomes et des liens de façon à ce que le rayon des liens entre les atomes soient supérieur à la moitié du rayon des atomes (sur le visuel). Une valeur de 1.3 pour “Sphere Scale” et de 0.9 pour “Bond Radius” suffit en général.

Une fois ceci fait, il faut effacer les axes en allant dans Display puis dans Axes et choisir “off”.

On peut ensuite sortir la molécule au format compatible avec les logiciels spécifique aux imprimantes 3D, le format STL. Pour cela il faut aller dans File puis Render… puis changer le type à stl et changer le nom du fichier si on veut. Il suffit après de cliquer sur “Render”

Une fois le fichier STL sortit, le reste se passe exactement de la même façon que pour une impression 3D standard.