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Adaptation du projet Spiro : Robot pour un suivi automatisé de la germination des graines

Un modèle de documentation minimal pour tous les types de projets. Toutes les catégories ci-dessous doivent être renseignées, même de façon succincte.
IMPORTANT : Merci de sélectionner le / les tags adéquats dans le menu de droite, et de ne pas créer de nouveau tag.
Les fichiers sources doivent idéalement être joints à cette page grâce à l'icône trombone du menu de droite.
Des hésitations sur comment bien documenter et utiliser l'interface ? Consultez le tutoriel "Comment documenter"

Informations

  • Nicole CHAUMONT
  • nicole.chaumont@sorbonne-universite.fr
  • Institut de Biologie Paris Seine - Laboratoire DEV2A- EquipeÉquipe de Biologie des semences 
  • 17/01/2025 - Fin avril 2025

Avec Stéphane

Contexte

Une grande part de notre travail au laboratoire est la réalisation de tests de germination de graines d'Arabidospisd’Arabidopsis thaliana (taille moins d'1 mm). 
Les tests de germination consiste à semer les graines dans une boite de pétri contenant un coton imbibé d'eau et ensuite de contrôler la germination de chaque graine quotidiennement durant 7 à 10 jours. Ce contrôle de la germination est réalisé en comptant le nombre de graines germées avec une pince sous une loupe binoculaire. La réalisation de ces tests de germination est très chronophage. Une équipe de recherche a développé SPIRO, une plateforme automatisée d'imagerie de plaques de Petri, conçue pour les biologistes, qui facilite le phénotypage des graines d’Arabidopsis thaliana. Elle permet de prendre des photos en time-lapse de plusieurs plaques en simultané, offrant une solution simple sans expertise technique. SPIRO améliore la précision des expériences, comme la germination des graines et la croissance des racines, et permet des études auparavant difficiles. Une fois les photos réalisées, elles seront analysées par un logiciel permettant le comptage automatisé de la germination.

Figure1A.jpg

Structure de SPIRO : a, le nid de Borg abritant l'électronique ; b, rail vertical avec l'écran lumineux, les deux peuvent glisser le long du rail horizontal ; c, boîtier de la caméra, avec position réglable sur le vertical ; d, cadre LED avec diffuseurs, la position le long du rail horizontal peut être ajustée ; e, scène rotative pour maintenir les plaques de Petri ; f, moyeu moteur abritant le moteur pas à pas et connectant les rails horizontaux. (Ohlsson et al., 2023)

Objectifs

NullaL'objectif imperdietest mattisde nequecréer nonun vehicula.SPIRO Aliquamadapté aliquamà acnos lectusproblématiques nond'après euismod.l'article NullaOhlsson facilisi.et Fusceal., fermentum2023 enim& magna, velhttps://www.alyonaminina.org/spiro. consectetur
Nous semne malesuadasouhaitons eu.pas Integerréaliser acde iaculistime-lapse magna,dans dictumune posuereétuve, neque.le SedSPIRO pretiumdoit dignissimêtre arcu,posé velsur maximusla felispaillasse cursuset in.utilisable au moment souhaité par l'ensemble des membres de l'équipe. 
Les adaptations envisagées : 
- Supprimer le support motorisé pouvant contenir 3 boites de Pétri (partie f sur la figure) et remplacer par un support fixe (dessiné par Stéphane)
- Supprimer l'écran lumineux (partie b de la figure)


-

image-1653061695508.jpeg

Pour

Ajouter au moinsproposer une imageutilisation plus simple pour tous, Stéphane a proposé de votrecréer projetune interface web pour piloter l'allumage des LED et la prise de photo.

Matériel

Machines utilisées

TrotecImprimante Speedy3D 100

Construction

(Fichiers, photos, code, explications, paramètres d'usinage, photos, captures d'écran...)

Étape 1

----Impression des différentes pièces avec l'imprimante 3D

Étape 2

----Assemblage du SPIRO : montage des LED 

Étape 3

----Création de l'interface web 

Étape 4

 

Journal de bord

Avancée du projet à chaque étape, difficultés rencontrées, modifications et adaptations (facultatif pour les petits projets)

03/04/2022

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11/04/2022

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18/04/2022

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