Electrophorèse
Intro:
Le Fablab possède 2 types de machines pour l'électrophorèse:
-Kits PCR (thermocycleurs, électrophorèses horizontales)
-Kits Western Blotting (électrophorèse verticales pour migration et transfert)
Elles permettent aux utilisateurs de pouvoir respectivement :
-réaliser une PCR électrophorèse d'ADN sur gel d'agarose afin de comparer l'ADN avant réplication par PCR et l'ADN obtenu
-réaliser une migration verticale sur gel de polyacrylamide
I- Principe générale de l'électrophorèse
L’électrophorèse sur gel est une technique de laboratoire utilisée en génétique pour séparer des mélanges contenant de l’ADN, de l’ARN et d’autres protéines en fonction de leur taille et de leur charge moléculaire respectives.
Horizontale:
Le gel (d'agarose) est orienté de manière horizontale et est immergé dans un tampon. Une extrémité contient une anode et l’autre une cathode. Lorsqu'un courant est appliqué, le gel chauffe et le tampon le refroidit.
L’électrophorèse horizontale sur gel est une méthode sans effort utilisée dans la séparation de l’ADN et de l’ARN
Verticale:
Plus complexe elle utilise un tampon discontinu. La cathode est située dans la chambre supérieure et l’anode dans la chambre inférieure. Les électrodes présentes dans chaque compartiment fournissent le champ électrique requis.Une fine couche de gel d'acrylamide est versée entre les deux plaques de verre montées. Par conséquent, la partie supérieure du gel est immergée dans la chambre supérieure et la partie inférieure du gel est immergée dans la chambre inférieure. Une fois le courant appliqué, une petite partie du tampon se déplace vers la chambre inférieure de la chambre supérieure à travers le gel.
En raison de la taille plus petite des pores du gel d’acrylamide, une séparation précise peut être obtenue avec une résolution plus élevée.
II- L'électrophorèse des acides nucléiques
Elle se fait sur gel d'agarose ou polyacrylamide. Si on veut contrôler le maillage de notre gel, on peut le fabriquer soi-même ou l'acheté déjà préparé avec les caractéristiques souhaitées.
Ensuite il faut introduire les acides nucléiques dans le gel, puis placer le gel dans la cuve. Par la suite, il faut l'immerger dans son tampon (au maximum jusqu'à 1mm au dessus du gel). Enfin pour relever la présences des acides, on rajoute des révélateurs (colorants,...).
Pour lancer le process ,il suffit d'alimenter les kits et de paramétrer le courant et la tension. Plus le gel est concentré et plus il nécessite de temps ou de courant pour obtenir l'équivalent avec un gel moins concentré.
Enfin, à l'aide d'un étalon, on identifie les acides avec leur poids moléculaires (taille des molécules).
Exemple d'étalon :
