Electrophorèse
Intro:
Le Fablab possède plusieurs types et tailles de cuves pour pratiquer l'électrophorèse:
- Cuve électrophorèses (horizontales)
- Kits Western Blotting (électrophorèse verticales) voir lien
Elles permettent aux utilisateurs de pouvoir respectivement :
-réaliser une PCR électrophorèse d'ADN sur gel d'agarose afin de comparer l'ADN avant réplication par PCR et l'ADN obtenu
-réaliser une migration verticale sur gel de polyacrylamide
I- Principe générale de l'électrophorèse
L’électrophorèse sur gel est une technique de laboratoire utilisée en génétique pour séparer des mélanges contenant de l’ADN, de l’ARN et d’autres protéines en fonction de leur taille et de leur charge moléculaire respectives.
Horizontale:
Le gel (d'agarose) est orienté de manière horizontale et est immergé dans un tampon. Une extrémité contient une anode et l’autre une cathode.
L’électrophorèse horizontale sur gel est une méthode sans effort utilisée dans la séparation de l’ADN et de l’ARN
Précautions:
- Attention, lorsqu'un courant est appliqué, le gel chauffe donc si le courant est trop intense, ça peut être gênant.
- Il faut bien respecter les règle de traitement déchets pour le tampon, et le manipuler avec précaution.
- Faites attention à ne pas vous faire dépasser par le temps, on risque de perdre la séparation.
Verticale:
La cathode est située dans la partie supérieure de la cuve et l’anode dans celle inférieure. Les électrodes présentes dans chaque compartiment fournissent le champ électrique requis.Une fine couche de gel est versée entre les deux plaques verticales de verre montées. Par conséquent, la partie supérieure du gel est immergée dans la chambre supérieure et la partie inférieure du gel est immergée dans la chambre inférieure. Une fois le courant appliqué, des molécules présentent dans le gel du tampon se déplacent de la chambre supérieure vers la chambre inférieure à travers le gel.
En raison de la taille plus petite des pores du gel d’acrylamide, une séparation précise peut être obtenue avec une résolution plus élevée.
II- L'électrophorèse des acides nucléiques
Elle se fait sur gel d'agarose ou polyacrylamide. Si on veut contrôler le maillage de notre gel, on peut le fabriquer soi-même ou l'acheté déjà préparé avec les caractéristiques souhaitées.
Ensuite il faut introduire les acides nucléiques dans le gel, puis placer le gel dans la cuve. Par la suite, il faut l'immerger dans son tampon (au maximum jusqu'à 1mm au dessus du gel). Enfin pour relever la présences des acides, on rajoute des révélateurs (colorants,...).
Pour lancer le process ,il suffit d'alimenter les kits et de paramétrer le courant et la tension. Plus le gel est concentré et plus il nécessite de temps ou de courant pour obtenir l'équivalent avec un gel moins concentré.
Enfin, à l'aide d'un étalon, on identifie les acides avec leur poids moléculaires (taille des molécules).
Exemple d'étalon :
